Baznīca uzbūvēta ap 1910. gadu un ir viena no vecākajām mūra ēkām Radvilišķos, bet vēstures materiālu par to nav daudz. Zināms, ka cara laikos te bijis pasta iebraucamais pagalms, bet vēlāk šeit izvietojusies cara armija.
Jaunā Radvilišķu evaņģēliski luteriskā draudze tika dibināta 1910. gadā. Domājams, ka tolaik uzcelta arī joprojām te esošā evaņģēliski luteriskā baznīca.
1917. gadā Šauļu (Alkišķu) draudzei piederošajā Radvilišķu baznīcā bija 100 vietu. Līdz 1932. gadam draudzi apkalpoja viens mācītājs, tāpēc dievkalpojumi katrā baznīcā parasti notika 1–2 reizes mēnesī, lielākoties latviešu valodā. Bet 2-4 reizes gadā notika dievkalpojumi vācu valodā. Ilgu laiku draudzē kalpoja priesteris Teodors Kupferis. Viņš gādāja par jaunu dievnamu dibināšanu Radvilišķos un citviet.
Evanģēliski luteriskā draudze turpināja pastāvēt arī pirmskara neatkarīgajā Lietuvā. Saskaņā ar 1937. gada Konsistorijas datiem Radvilišķu draudzes nodaļā uzskaitīts 170 ticīgo.
1946. gadā dievnamu nacionalizēja. Padomju laikā šeit darbojās mēbeļu veikals. 1995. gadā ēka tika nodota evanģēliski luteriskajai draudzei. Mūsdienās Radvilišķu evaņģēliski luteriskās baznīcas ēku komplekss ir iekļauts Lietuvas kultūras vērtību reģistrā.
Atsauksmes